Malagón es un municipio localizado en la zona norte del Campo de Calatrava histórico. Geográficamente, la mayoría de su término está situado en la subzona regional de los Montes de Toledo. La zona este del término es llana, pero el resto muy montunos está atravesado de Este a Oeste por la sierra que lleva su nombre y otras alineaciones secundarias.

Malagón goza de un entorno natural privilegiado, con sigulares ecosistemas y parajes naturales, de entre los que destaca la Reserva Natural de Las Navas de Malagón, formada por lagunas de origen volcánico. No es menos relevante su situación, en una zona denominada Entresaques, al encontrarse rodeado por dos parques nacionales: Cabañeros y las Tablas de Daimiel, más un tercero, el Parque Natural de las Lagunas de Ruidera.